南京新能源汽车上牌的流程如下：

1、先到市税务机关领取税务凭证或免税凭证，再到市交委配额审核窗口审核机动车限值，再到已登记的服务站进行车辆管理登记；

2、根据网上预约换证业务的时间和地点，将车辆送至处理点，并提交机动车车主身份证、机动车行驶证、机动车登记证、机动车照片、车辆识别代号拓印膜、原机动车号牌；

3、另外，警务处还为新能源处理业务提供配套服务，开通新能源汽车置换牌照业务的优先处理通道。